Институт был активным участником международных геолого-геофизических программ по линии Международного союза геодезии и геофизики:
1965-1970 гг. "Верхняя мантия Земли";
1971-1980 гг. "Геодинамический проект";
1981 г. "Литосфера", а также ряда проектов Международной программы геологической корреляции (IGCP), выполняемой под патронажем Международного союза геологических наук.
В настоящее время Институт работает по программам:
2000 - "Изучение активных деформаций в Байкальском рифте с использованием методов сейсмотектоники и GPS-геодезии".
2002 - "Stress transfer and fault seismic potential, southern Baikal rift, Siberia".
2003 - "Активные деформации и структура литосферы во внутриконтинентальных областях: комплексные исследования Монголо-Байкальской тектонической системы"".
2003-2007 -"Гидроминеральные ресурсы Монголии".
Институт был базовым для российской части Совместной российско-монгольской геофизической экспедиции РАН и МАН (СРМГЭ), в работе которой, помимо российских и монгольских специалистов, участвовали исследователи из США и Франции.